分子動力学法とモンテカルロ法

1　分子シミュレーションのアウトライン
　　1．分子動力学法とモンテカルロ法はなぜ必要か
　　2．シミュレーションの視点
　　3．分子運動の視点
　　4．分子間相互作用
　　5．分子シミュレーションの特徴
　　6．分子シミュレーションの実際

2　分子動力学法の基礎
　　1．ヴェルレ法による運動方程式の解きかた
　　2．ヴェルレ法によるプログラム例
　　3．けた落ちについての注意
　　4．かえる跳び法
　　5．ラーマンの予測子修正子法
　　6．ギアの予測子修正子法
　　7．精度の比較

3　モンテカルロ法の基礎
　　1．メトロポリスの方法
　　2．プログラム例：クラスターのメトロポリス法シミュレーション
　　3．モンテカルロ法と乱数についてのメモ

4　分子シミュレーションの枠組み
　　1．単位系
　　2．周期境界条件と相互作用のカット
　　3．初期配置
　　4．温度の設定方法
　　5．熱平衡状態の判定法
　　6．プログラム例

5　単原子液体の分子動力学の実例とチェックポイント
　　1．プログラム構造の例
　　2．運動方程式の解のチェック
　　3．ポテンシャルエネルギーと圧力
　　4．分子分布関数
　　5．平均2乗変位と自己拡散係数
　　6．時間相関関数とスペクトル密度

6　分子の回転運動と水のシミュレーション
　　1．運動方程式の解きかた
　　2．水のモデル
　　3．クーロン力の計算
　　4．プログラム例
　　5．変数の意味
　　6．サブルーチン

7　アプリケーションプログラムパッケージ
　　1．プログラムパッケージの利用
　　2．アカデミックライブラリー
　　3．CCP5プログラムライブラリー

8　多原子分子液体の分子動力学――MDMPOLの使い方――
　　1．運動方程式とプログラム構造
　　2．走らせかた
　　3．活用法

9　統合プログラムIMPACTの紹介
　　1．IMPACTとは
　　2．IMPACTのやさしい使いかたの例
　　3．入力ファイル
　　4．出力ファイル
　　5．独自の解析をするために
　　6．自分の問題のための入力ファイル
　　7．IMPACTによる研究例

10　2面角空間でのタンパク質分子運動のシミュレーションINSPIDASの使い方
　　1．INSPIDASとは
　　2．構成要素タスク
　　3．入力ファイル
　　4．アウトプットの例
　　5．基準振動に基づく解析の入力ファイルの例
　　6．基準振動に基づく解析の出力の例

11　分子シミュレーションのためのコンピュータ環境
　　1．コンピュータの性能
　　2．外部記憶装置
　　3．プログラムの開発環境
　　4．シミュレーションを実行する環境
　　5．研究環境の整備